Melk saját piacjoggal rendelkező város (Markt) a XV. század végén. A benediktinus szerzetesek sokszáz év előtte, a XI. században telepedtek meg itt először, már akkor a Monte Cassinóból hozott Benedek-regula alapján, amelynek itteni utódaik azóta is engedelmeskednek. A kolostor abban az időben közvetlenül a Duna fölé emelkedő dombháton áll. Ma a folyó a folyamszabályzások következtében kissé távolabb folyik. A korabeli kolostorépületek áldozatul estek a Jakob Prandtauer híres barokk átépítésének, amely máig is meghatározza Melk látképét és idecsábítja a város nagyszámú látogatóját.

A várost hat toronnyal védett fal övezte és a kolostor fennhatósága alá tartozott. A kolostor a körülvevő meredek völgyekkel szabdalt erdőkre (Dunkelsteinwald) tekint. Északon, a Duna túlsó partján a Cseh-helység lánca emelkedik.

A kolostor a század második felében a század elei leromlást követően ismét magába zárt, a maga szigorú életszabályai szerint élő világ. 1412-ben hat szerzetes Subiacóból hozta magával az új obszervanciát. A helyreállított szabályzat szerint élő szerzetesi közösség jelentős németföldi reformmozgalom kiindulópontja lett. Hatása szétsugárzott a környező és távolabbi benedekrendi kolostorokra. A rákövetkező évtizedekben számos melki vizitátor vizsgálta más német kolostorok életét. A reform szellemében gazdagodott lelki élet a szellemi élet felvirágzásával párosult. Az 1297-es tűzvészben elpusztult könyvállományt híres másolóműhelyük gyors ütemben pótolni igyekezett. A könyvállomány pár száz kötetre rúghatott. A kolostorban is születtek jelentős teológiai munkák. Számos tudós egyetemi fokozattal rendelkező testvér került a szerzetesek soraiba.

1451-től külön privilégium szerint tartották a Koloman-napi vásárokat. Sankt Koloman (Kálmán), Írországból származó mártír abban az időben Ausztria védőszentje. Relikviáit 1014 óta őrizték Melkben.

Az apátság sok más bencés kolostorhoz hasonlóan élénk gazdaság és hatalmas tulajdon központja. A környékbeli földeken, legelőkön, halastavon, sörházon, malmon, tanyákon kívül közel és távol Ausztriában számos birtokot és fiók-kolostort igazgattak innen. A polgárok misemondásra, templomépítésre és hasonlókra pénzt adományoztak vagy hagytak a kolostorra.

Az élet minden jólét ellenére gyakran hozott viharos fordulatokat. A kolostort cseh zsoldos rablók támadták meg, többször is lerohanták, és váltakozó szerencsével rabolták végig a Marktot Corvin Mátyás katonái, amit a török veszély évtizedei követtek.

A magyarokkal való harcok végére (1488) a kolostor jövedelmei súlyosan megcsappantak és I. Miksa pénzügyi támogatására szorult. Miksa 1491-ben tartott országgyűlést Melkben. Az itt elrendelt adók tették lehetővé az elidegenített tized és más javak pótlását.

1501-ben a Duna minden idők legnagyobb áradását produkálta. A városi templomban csónakon lehetett közlekedni, a víz szintje könyöknyire emelkedett az oltár lapja fölé.